＜補足＞
目的にもよりますが、タマネギの皮の全アルコール溶解成分を凍結乾燥されているようなので、脱塩はしな方がよい実験系だと思います（何かの抽出精製だと推測していました）。
粘性を発揮しているの成分が糖質だとしてもしっかり乾きます。
砂糖でも乾燥結晶化できるのを考えていただければお分かりだと思います。
量にもよりますが、減圧凍結乾燥機は長い時は３日以上連続運転する場合もありますので１０時間は消して長いとは思いません。
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これだけでは正確な理由が推測できないので、どうしたらいいかのアドヴァイスになるかどうかわかりませんが、以下参照。

サンプルがもともと sticky になりやすい性質もののなら、長時間かけて完全に乾燥させないとネバネバします。でも、さらに乾燥していけば、ほとんどのものは乾くはずです。
サンプルはアルコールに溶解しているとの事ですが、残留塩類が多くないでしょうか？その場合、ネバネバする場合があります。こちらの場合でしたら、最終的に凍結乾燥機にかける前に、しっかり脱塩すれば解消します。

ほかにも手順やサンプルの状態で情報があれば、より絞り込んで推測できるかもしれません。
その場合、補足して下さい。